Die gute Nachricht: Das passiert nicht bei fertigen Builds, sondern nur im Editor. Dafür dauern die Builds dann teilweise recht lange, weil zuerst alle Lightmaps für alle Szenen gebacken werden. Ich finde es aber auch etwas lästig und war recht erstaunt, als ich das erste Mal darüber gestolpert bin. Etwas trickreich ist auch, dass die Beleuchtung nicht beim Build gebacken wird, wenn man Continuous abschaltet (man muss das dann wirklich vorher manuell starten - tut man das nicht hat man einen Build ohne Lightmaps).
Von UT ist es so gedacht, dass man Continuous Baking (bzw. ab Unity 5.1 nur noch "Auto") verwendet, so lange man an einer Szene arbeitet (speziell an der Beleuchtung). Sobald man fertig ist, sollte man Continuous bzw. Auto abschalten und manuell baken (falls man Versionsverwaltung verwendet, kann man dann die Lightmaps auch einchecken).
Leider ist das meines Wissens bisher nicht sauber dokumentiert, es gab dazu aber vor nicht allzulanger Zeit eine Diskussion auf der Beta-Liste. Diese Infos habe ich von Joachim Ante, der sich an dieser Diskussion auch beteiligt hat.
Das Verhalten wird also nicht als Bug gesehen - sie arbeiten aber daran, die Prozesse bzgl. der Beleuchtung transparenter und einfacher zu gestalten.
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